Halliste kihelkond oli Sakala üks vanemaid: 1211. a. kirjeldab Läti Henrik rüüsteretke Alistegundesse.

Praeguse kivikiriku vanemad osad pärinevad 15. sajandi II poolest. Siis oli kirikul ruudukujuline kooriruum ja tornita  lühike kolmelööviline pikihoone. 17. sajandi alguse sõdades võlvid kaotanud kirik taastati Rootsi ajal. Siis on kaitsepühakuna nimetatud peaingel Miikaeli. Põhjasõja ajal põletatud kirik taastati 18. sajandi keskpaigaks. 1781 ehitati läänetorn, 1816-23 lammutati kooriosa ning kirikut pikendati ida suunas, muutes selle avaraks saalruumiks. Taas põles kirik pikselöögist 1863. a. Rekonstrueerimisega 1864-67 (arh. Matthias von Holst) sai kirik oma praeguse kuju. Hoonet laiendati ning ehitati uus torn. Kirik põles uuesti 1959. a. ning seisis järgnevad 30 aastat varemeis.

1989.a. alustati kiriku taastamist. Arvukate annetuste toetusel valminud kirik pühitseti 1991.a. jõulude ajal. Altarimaal "Kristus" - Jüri Arrak, 1990. Maal "Püha Anna Neitsi Maarjaga" - Jüri Arrak, 1991. Skulptuur "Halliste ema" - Aime Kuulbusch, 1991.